这是一项复杂的系统工程：中科院初步走出一条适合中国国情的现代国家研究院所新路，有力地推动了我国科技体制改革 2008年，中科院古脊椎与古人类研究所所长易人。周忠和研究员担任所长，原所长朱敏研究员两届8年任满，专心从事业务研究。这样的角色转换没有引起任何波澜，研究所的科研方向依然清晰，科学家们的工作有条不紊。
知识创新工程实施以后，中科院对用人制度进行了大胆的改革，取消了所长终身制，改为任期制，规定所长只能连任两届。不仅如此，中科院还实施全员岗位聘任制，取消传统的技术职称评定制度，全面推行“按需设岗、按岗聘任、竞争择优、动态管理”的用人制度，形成了由岗位聘任、项目聘用和流动人员构成，与国际接轨的新型用人制度。
如今，中科院已经初步形成了公平公正、有效激励、竞争择优、和谐合作、流动有序、动态优化的用人新机制，初步实现了人员能进能出、职务能上能下、待遇能高能低。
知识创新工程实施后，中科院在用人制度、分配制度、科研评价体系等方面都进行了大胆的改革。以分配制度改革为例，中科院全面推行了“基本工资、岗位津贴、绩效奖励”三元结构分配制度，体现了绩效优先原则。在有条件的试点单位，还开展“协议工资”、“法人年薪制”的改革试点，彻底打破干多干少一个样，干好干坏一个样的分配制度，大大激发了科研人员的工作热情。
进入知识创新工程三期后，中科院开始管理模式的探索。2007年底，中科院开始进行研究所综合配套改革的尝试。大连化物所等7个成为试点单位的研究所，被赋予了最大限度的自主权，可以制定符合自身条件的管理政策。中科院战略规划局局长潘教峰介绍说，这是中科院第一次在研究所层面的综合性系统性的重大改革举措，目的是探索建立研究所分类管理制度。
潘教峰说，经过十年的发展，中科院知识创新工程走到了重要关口。他说：“我们希望通过体制创新，建立适合中国国情的现代研究所制度，从而保障自主创新能力的稳步提高。”
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